1943 als reine Forschungsförderinstitution gegründet, engagiert sich die SAMW heute als Brückenbauerin zwischen Wissenschaft und Gesellschaft. Sie wird vom Bund mit jährlichen Subventionen unterstützt; für die Forschungsfelder stehen zudem Gelder aus Legaten und privaten Stiftungen zur Verfügung. Die SAMW stärkt auch in der Schweiz wenig etablierte Forschungsfelder, z.B. Palliative Care oder Versorgungsforschung. Als unabhängige Partnerin im Gesundheitswesen erfüllt sie Mandate im Auftrag des Bundes, etwa den Aufbau des Swiss Personalized Health Network (SPHN), das die Voraussetzungen schafft, um den für die medizinische Forschung notwendigen Austausch von Gesundheitsdaten zu ermöglichen. Die SAMW kann auf viele ehrenamtlich tätige Expertinnen und Experten zählen, die sich in zahlreichen Kommissionen – darunter die Zentrale Ethikkommission (ZEK) – und Arbeitsgruppen engagieren. Im Gegensatz zu anderen Akademien ist die SAMW keine Dachorganisation von Fachgesellschaften. Oberstes Organ ist der Senat, der aus rund 250 Mitgliedern besteht und die Akteure der universitären Medizin, der Fachgesellschaften und der Gesundheitspolitik repräsentiert.
Mit den beiden Hauptprogrammen «Medizinische Wissenschaft und Praxis» und «Medizin und Gesellschaft» setzt die SAMW folgende Schwerpunkte:
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